докторска дисертација · молекуларна биологија, микробиологија, молекуларна епидемиологија зооноза, салмонеле, резистенција на хинолоне, типизација сојева
Analiza prirode rezistencije na hinolone i molekularna tipizacija odabranih serotipova Salmonella enterica subspecies enterica
др Гордана В. Козодеровић — данас редовна професорка на Педагошком факултету у Сомбору Универзитета у Новом Саду (према страници факултета)
Универзитет у Београду, Биолошки факултет; 2012 (Наставно-научно веће прихватило извештај ментора и образовало Комисију 4. новембра 2011, извештај Комисије 23. марта 2012, сагласност Већа научних области 26. априла 2012, одбрана 14. јуна 2012); рад је писан латиницом; XIII + 118 страна; попис од 209 јединица; грађа приказана до појединачног изолата
Пун текст рада у Националном репозиторијуму дисертација у Србији (НаРДуС); извештај Комисије у материјалима седница већа научних области Универзитета у Београду. Осврт: „Стручни критички осврт на дисертацију „Analiza prirode rezistencije na hinolone i molekularna tipizacija odabranih serotipova Salmonella enterica subspecies enterica““, 23. септембар 2026., 22 стране, с пописом литературе.
Дисертација испитује сојеве салмонеле серотипа Enteritidis који круже међу пилићима, у намирницама и међу људима на северу Србије, и учесталост и молекуларну основу резистенције на хинолоне. Осврт налази промишљен нацрт у два корака, у коме други корак проверава и исправља први, концентрацију за скрининг изведену из сопствених мерења, потврду сваке позитивне селекције двема независним методама и грађу приказану до појединачног изолата. Слабости су непроверена поновљивост типизације, оцене дискриминативне моћи без исказаног мерила и без интервала поверења, закључци шири од опрезнијих формулација које рад сам има у дискусији, и формални пропусти научног апарата.
Основне примедбе
| # | Примедба | Шта рад каже или ради | У чему је проблем | Стране | Мерило |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Поновљивост типизације није проверена ни исказана | Правило за издвајање типа гласи: „prvo je definisan osnovni, preovlađujući tip za svaki prajmer i nazvan tip A, a zatim je svaki novi tip koji se razlikovao od osnovnog tipa u jednom ili više fragmenata označen kao tip B, C, D ili E.“ (стр. 56), дакле разлика у једној траци довољна је за нови тип. | Метод на који се рад позива узима профиле различитим тек кад се разликују у више од две траке и сваки сој испитује четири пута преко два оператера; рад то одступање не наводи, а поновљивост профила није исказана, па су број група и оба индекса горња процена моћи разликовања. | 56, 80 | Betancor и сар. 2004; van Belkum и сар. 2007 (ESGEM смернице) |
| 2 | Оцена дискриминативне моћи без исказаног мерила | У закључку стоји да је метода „pokazala je zadovoljavajuću diskriminativnu moć“ (стр. 100), а у дискусији да је комбинација метода „pokazala zadovoljavajuću diskriminatornu moć (D = 0.828)“ (стр. 80), оба пута без критеријума према коме се оцењује. | Рад индекс преузима од аутора који наводе пожељан праг изнад 0,90 и упозоравају да је индекс дефинисан за несродне сојеве и велике збирке, а овде се примењује на локалну збирку од шездесет изолата с епидемијски повезаним изолатима; разлике у трећој децимали не треба тумачити као стварне. | 80, 100 | Hunter и Gaston 1988; Grundmann и сар. 2001; van Belkum и сар. 2007 |
| 3 | Праг Dice коефицијента преузет из друге врсте профила | Рад тврди: „Kada se uporede razlike između profila, za svaki prajmer Dice koeficijent je viši od 0.8, što govori o visokoj srodnosti svih izolata.“ (стр. 68), а праг преузима из рада који га изводи на профилима с више од двадесет трака. | Примењен на профиле с пет до десет трака, у којима се типови по конструкцији разликују од основног у једној до две траке, тај праг готово ништа не разликује — вредност изнад 0,8 следи аритметички из начина на који су типови дефинисани. | 55, 68, 81 | Lima и сар. 1997; Tenover и сар. 1995 |
| 4 | Закључци шири од дискусије и сажетка | Закључак тврди да „ne postoji klonalno širenje NAL rezistentnih sojeva S. Enteritidis“ (стр. 101), док дискусија каже да „govori o tome da je mala verovatnoća da postoji klonalno širenje“ (стр. 94), а сажетак најтачније — „Nisu nađeni dokazi o klonalnom širenju sojeva rezistentnih na nalidiksičnu kiselinu.“; сажетак истовремено тврди да је „tipizacija je dokazala nasumičnu raspoređenost tipova“, што подаци не доказују. | Тип мутације није маркер клонске сродности, а двадесет шест изолата из веће колекције није типизовано ниједном другом методом; друго објашњење високе сличности профила је ограничена моћ разликовања код клонског серотипа, које рад сам наводи на стр. 82. | 82, 94, 100, 101 | аргумент из грађе самог рада |
| 5 | Знак епидемиолошке граничне вредности и изостала напомена | Рад наводи: „Za CIP prema EUCAST standardu izolati sa MIC ≥ 0.06 mg/l su epidemiološki rezistentni“ (стр. 92), док извор на који се позива дивљи тип одређује као вредност мању или једнаку граничној, а не-дивљи изнад ње. | Последица је да тврдња о свим изолатима важи за 34 од 35, јер би изолат с вредношћу 0,064 mg/l био дивљег типа; уз то, табеле важеће на рок носе упозорење о слабом одговору код системских инфекција са смањеном осетљивошћу, што обухвата 34 од 35 изолата. | 92 | Kahlmeter и сар. 2003, стр. 146; EUCAST, табеле граничних вредности в. 1.3 (2011); EUCAST експертска правила в. 1 (2008) |
| 6 | Опис колекција не одговара табелама | Метод наводи да изолати потичу с подручја Јужнобачког округа (стр. 44), док табеле 2 и 3 за седамнаест од шездесет изолата наводе места у Сремском округу, Младеновцу, Црвенки и Панчеву; збирка се назива насумично одабраном (стр. 80), иако је по опису састављена наменски и садржи епидемијски повезане изолате. | Колекцију би требало описати као изолате с подручја које покривају установе у Новом Саду, а учесталости и индексе из такве збирке не представљати као процену за популацију — што сам рад показује кад исту учесталост на већем узорку налази четири пута мањом. | 44, 45, 80 | аргумент из грађе самог рада; van Belkum и сар. 2007 |
| 7 | Неисказана одступања од стандарда и омашке у граничним вредностима | Диск-дифузија и агар-дилуција рађене су уз инкубацију 24 сата на 37 степени, дуже и топлије од услова које прописују меродавни поступци тог доба; критеријуми за тетрациклин у табели 7 нису вредности издања на које се рад позива него старије. | Рад тврди да је рађено по стандарду, а одступања нису означена као измена; пошто су интермедијерни изолати сврстани у резистентне, удео резистенције на тетрациклин могуће је прецењен. | 52, 53, 54 | CLSI M7-A6 (2003) и M100-S20-U (2010); EUCAST, табеле контроле квалитета в. 1.3 (2010) |
Шта рад доноси
- Нацрт у два корака у коме други корак проверава први: налаз из мале колекције не проглашава представним него га проверава на великом узорку и отворено исправља — „Može se zaključiti da je veličina uzorka stoga bitno uticala na sagledavanje stvarne slike o učestalosti rezistencije na antibiotike pa i na NAL kod S. Enteritidis na području Južnobačkog okruga i ukazala na mogućnost izvođenja pogrešnih zaključaka prilikom ispitivanja male kolekcije izolata.“ (стр. 85).
- Концентрација за скрининг изведена из сопствене расподеле минималних инхибиторних концентрација, а не узета напамет: „Ove vrednosti su poslužile u definisanju koncentracije NAL (64 mg/l) u podlogama koje su se koristile za selektovanje NAL rezistentnih salmonela u većem uzorku“ (стр. 63), уз потврду сваке позитивне селекције агар-дилуцијом и секвенцирањем.
- Јасно исказан молекуларни налаз на свим изолатима резистентним на налидиксичну киселину: „Kod svakog izolata nađena je samo po jedna mutacija na jednom od ova dva lokusa, odnosno nije bilo dvostrukih mutacija.“ (стр. 73), уз три независна приказа расподеле замена и вредности минималних инхибиторних концентрација.
- Налаз с непосредном јавноздравственом вредношћу: жариште у погону који јаја користи као сировину, откривено комбинацијом трију маркера — „Različiti tipovi rezistencije, polimorfizam mutacija u QRDR regionu gyrA gena, kao i rezultati RAPD tipizacije gde je tri izolata iz fabrike biskvita pripadalo različitim tipovima ukazuju na široku kontaminaciju sa najmanje četiri različita soja S. Enteritidis.“ (стр. 89).
- Доследно исказивање граница сопственог поступка: ограничења методе типизације (стр. 17), слепа тачка скрининга (стр. 94), методолошко објашњење уз главно тумачење — „To se može objasniti cirkulacijom visoko srodnih S. Enteritidis u ljudskoj i živinskoj populaciji u Južnobačkom okrugu, ali i možda ograničenim mogućnostima tipizacije S. Enteritidis generalno.“ (стр. 82) — и означавање слабог податка као слабог (стр. 84).
Образложење примедби
- Поновљивост типизације није проверена ни исказанаДоследан заједнички профил трију епидемијски повезаних изолата посредан је доказ да метода у овом огледу није давала случајне профиле.
- Оцена дискриминативне моћи без исказаног мерилаЗа изразито клонски серотип Enteritidis вредност око 0,83 висока је у поређењу с објављеним вредностима, што рад и показује.
- Праг Dice коефицијента преузет из друге врсте профилаОпрезнија формулација из дискусије, да то „ukazuje na verovatnu klonalnu povezanost izolata“ (стр. 81), боље одговара подацима.
- Закључци шири од дискусије и сажеткаОдржив је одмерени закључак да „U ljudskoj i živinskoj populaciji na području Južnobačkog okruga cirkulišu visoko srodni izolati S. Enteritidis.“ (стр. 100).
- Знак епидемиолошке граничне вредности и изостала напоменаРад клиничку поруку исте садржине износи на стр. 91 и у закључку 7, који тражи одређивање минималне инхибиторне концентрације код свих изолата резистентних на налидиксичну киселину.
- Опис колекција не одговара табеламаПорекло сваког изолата у табелама наведено је тачно, па се неслагање и може уочити.
- Неисказана одступања од стандарда и омашке у граничним вредностимаИзмерене вредности контролног соја јесу у исправном опсегу, а сви изолати резистентни на налидиксичну киселину имали су вредност далеко од граничне.
Осврт не доводи у питање оригиналност рада и не тврди повреду академске честитости. Реч је о стручној критици тачности, метода и закључивања, с дословним наводима и странама дисертације. Као мерило су коришћени само литература, стандарди и прописи који су постојали пре предаје рукописа комисији (почетком новембра 2011).